Alfred Stefan Franciszek Chłapowski z Bonikowa herbu Dryja urodził się 5 października 1874 roku w Bonikowie, w rodzinie ziemiańskiej, łączącej rody Chłapowskich h. Dryja i Ponińskich h, Łodzia. Absolwent Gimnazjum św. Marii Magdaleny w Poznaniu, które ukończył w 1893 roku. Następnie studiował za granicą, w Monachium, Halle, Berlinie oraz Paryżu, różne kierunki humanistyczne, prawo, historię oraz filozofię, ale ostatecznie studia zakończył doktoratem z ekonomii.
W 1897 roku współzakładał kościańską „Gazetę Polską”. W Poznaniu współpracował przy stworzeniu gazety „Praca”. W 1905 roku założył poznańskie stowarzyszenie oświatowo-wychowawcze „Straż”. W 1904 roku kandydował i dostał się do Reichstagu, jako poseł Koła Polskiego, jaką to funkcję pełnił do 1908 roku. Aktywnie działał tam na rzecz obrony praw Polaków. W 1918 roku był delegatem na Polski Sejm Dzielnicowy w Poznaniu w 1918 roku. Był też obwodowym komendantem Straży Ludowej.
Jako wielkopolski ziemianin, jeden z najbogatszych, w niepodległej Rzeczypospolitej związał się z Chrześcijańsko-Narodowym Stronnictwem Rolniczym. Jako jego członek w 1922 roku wziął udział w wyborach do parlamentu i został posłem sejmu I kadencji z ramienia Chrześcijańskiego Związku Jedności Narodowej. Członek klubu Chrześcijańsko-Narodowego. W drugiej połowie 1923 roku pełnił funkcję ministra rolnictwa i dóbr państwowych w drugim rządzie Wincentego Witosa.
Poza polityką działał również jako prezes Związku Producentów Rolnych oraz poznańskiego Banku Cukrownictwa, a także członek Centralnego Towarzystwa Gospodarczego.
22 marca 1924 został polskim posłem we Francji, a od 27 listopada 1924 do 20 czerwca 1936, po podniesieniu rangi przedstawicielstw dyplomatycznych był ambasadorem RP we Francji. Funkcję tę pełnił do 1936 roku, po czym wrócił do kraju.
Kawaler Wielkiego Krzyża Orderu Odrodzenia Polski i Wielkiego Krzyża Legii Honorowej.
Po wybuchu II wojny światowej i rozpoczęciu okupacji został aresztowany przez Niemców. Osadzony w kościańskim więzieniu. Chorego z premedytacją pozbawiono opieki medycznej i męczono przesłuchaniami, w wyniku czego zamordowano go 19 lutego 1940 roku.